Původně dřevěný hrad byl majetkem českých panovníků. Počátkem 13. století jej přestavěl král Přemysl Otakar I. z kamene v gotickém slohu. Jan Lucemburský prodal budyňský Vodní hrad Zajícům z Hazmburka. Za jejich vlády na Budyni doznal hrad i celé panství největšího rozvoje. Vodní hrad byl v majetku Zajíců z Hazmburka až do r. 1613, kdy ho byli nuceni prodat rodině Šternberků.. Posledním šlechtickým majitelem se stala rodina Herbersteinů, kteří provedli zásadní rekonstrukci v letech 1900 - 1913. R. 1946 se stal Vodní hrad majetkem města Budyně nad Ohří a do současné podoby byl rekonstruován od roku 1975 a rekonstrukce  okolních hradeb byla zahájena v devadesátých letech 20. století. Po uplatněném restitučním nároku rodinou Herbersteinů byl soudem definitivně přiznán Vodní hrad 27. září 1994 do vlastnictví města.

  Dříve čtvercový dvorec byl ve své historii několikrát velice výrazně poškozen a to nejen z důvodů nepřátelských vojenských nájezdů na Budyni. K prvnímu vážnému poškození kamenné stavby došlo r. 1551, kdy vybuchl sklad střelného prachu. Dle pověsti, která se k tomuto výbuchu váže, byl způsoben neopatrným zacházením s otevřeným ohněm v prostoru prachárny. Další významné poškození a vydrancování zasáhlo Vodní hrad, ale i přilehlé město v r. 1631 při dobývání a obklíčení Sasy. K opětnému vypálení Vodního hradu, ale i celého města došlo při obléhání usedlosti Prusy r. 1759.

 

 

Ve dvacátých letech 20. stol. bylo založeno v prostorách hradu Jandovo muzeum, které bylo postaveno hlavně z darů cestovatelů a soukromých sbírek obyvatel žijících v okolí Budyně. Toto muzeum čítalo bezmála čtyři tisíce exponátů mezi kterými byly i velice zajímavé předměty.

Pozornost si zcela jistě zaslouží vycpanina krokodýla, který byl dovezen na počátku 16. stol. z Egypta z cesty pana Zajíce z Hazmburka. Dále mohli návštěvníci obdivovat sbírku vzácných knih, které zůstaly z knihovny šlechtických rodů. Za zmínku také stojí zakládací listina města Budyně nad Ohří datovaná do 13. stol.

Před rekonstrukcí v r. 1975 bylo toto muzeum uzavřeno a přestěhováno do depozitu. Aktivitou městského úřadu a Nadace - Historické a kulturní dědictví regionu města Budyně nad Ohří se podařilo v r. 1997, tedy rok po znovuzískání statutu města otevřít Jandovo muzeum při Okresním vlastivědném muzeu v Litoměřicích z poněkud změněnou expozicí. Vedle původních vystavovaných předmětů se zde objevila i velice zajímavá ukázka alchymistické dílny a laboratoře, ve které je možno shlédnout mnoho přístrojů a zařízení, které byly v alchymii používány. Alchymistická laboratoř, ale i dílna jsou umístěny v autentických prostorách, kde se v době vlády Rudolfa II. alchymie provozovala. Toto nejslavnější období vlády rodu Zajíců z Hazmburka skončilo až úplným majetkovým úpadkem tohoto rodu a je velice pravděpodobné, že k tomu přispělo právě pěstování alchymie. S vybavením dílny a laboratoře a hlavně s drobnými předměty městu a nadaci výrazně napomohli pracovníci farmaceutického muzea v Kuksu u Jaroměře. Celá prohlídka muzea je zarámována do krásného gotického prostředí hradu a je zakončena ve Zlatém sále, kde se návštěvníci mohou seznámit z dobovými malbami ze 16. stol. s výjevy přibližujícími život na Vodním hradě.

 

V roce 1997 bylo znovu otevřeno Jandovo muzeum, které je umístěno ve Vodním hradě v Budyni nad Ohří. Při prohlídce muzea absolvují návštěvníci i prohlídkovou trasu interiérů hradu. V muzeu může návštěvník shlédnout vedle střelných zbraní, trofejí z poznávacích cest bývalých majitelů hradu, archeologických vykopávek z období 3tis. let p.n.l. také alchymistickou dílnu, která je instalována v prostorách, kde se alchymistické i jiné pokusy v 16. stol. prováděly. Ojedinělá expozice alchymistické dílny obsahuje vedle prvků a součástí alchymisty používanými také ukázku laboratoře s celou řadou pecí, pícek, kahanů, díží a receptů na výrobu všeho o co se alchymisté v minulosti pokoušeli. Při návštěvě vodního hradu mohou návštěvníci vidět zdařilou vycpaninu nilského krokodýla, který byl na budyňské panství přivezen v začátku 16. stol. Expozice muzea i prohlídková trasa je zpřístupněna celoročně. V zimním období pro více než 10 osob telefonicky.

 

Vystavené sbírkové předměty pocházejí ze sbírek Oblastního muzea v Litoměřicích, které je dlouhodobě půjčilo městu Budyně nad Ohří.